Mulisch sinh ở Haarlem và sinh sống ở Amsterdam từ năm 1958, sau cái chết của cha ông năm 1957, cho đến cuối đời. Cha của Mulisch là một người Áo – Hung nhập cư đến Hà Lan sau thế chiến 1. Trong thời kỳ Đức chiếm đóng trong thế chiến 2, ông đã làm việc cho một ngân hàng Đức liên quan đến các tài sản người Do Thái bị tịch thu. Mẹ ông, Alice Schwarz, là một người Do Thái. Mulisch và mẹ đã trốn chạy khỏi bị đưa đến một trại tập trung nhờ quan hệ của cha Mulisch với Đức Quốc xã.